结局还没有,不过有透漏了.第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
组织头目是阿笠博士
那是真的，就是一直在他们后面的人，[下面]你们想，为什么柯南每次遇到黑衣人的时候博士给他的工具就没用了呢？为什么柯南遇到危险时博士第一个知道呢？为什么小兰或XXX......遇到危险时，有人事先知道呢？不就是博士通风报信么
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的掘宏隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授――福尔摩斯里的罪恶的教授。
是个懒虫啊，有人写了些啊，抄下的，你看看吧。。。^_^
两种可能结局：
《名侦探柯南》结局:498话（2小时半特辑）内容完全披露
《银色子弹的怒吼槐散陵－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车铅戚上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客――目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家――黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是――“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀――”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
柯南大结局＿第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
实在忍不住了,告诉你们黑衣人的主谋是谁吧.
其实早就已经有太多提示了,你们竟然视而不见.你们都被坏人的伪装欺骗了.
其实黑衣人的真正首脑,就是一直隐藏在柯南他们身边的---------------------阿立博士.DOC,LEE
不明白了吧,其实我一直以为是毛利叔叔的(虽然我很崇拜他)但是那天和柯南赌气,细心分析后我突然发现,原来真正的凶手竟然是憨厚的阿里博士,
可能有人早有怀疑,为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦?
为什么新一的父母不关心儿子的情况
为什么工滕优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落?
为什么阿立的发明很强但是不卖.且从来不工作也不缺钱花?
为什么他想要什么资料都能够找到?
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用?
为什么只要柯南他们和阿立出去野营就会遇到危险?
包括灰原哀（以下简称哀）的出现都很可疑,记得吗当时只说哀晕倒在阿笠家门口!
其实事情是这样的,优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织.以小说家的身份为掩护,秘密调查,发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑啊立家隔壁住,并且从小培养新一开车打枪,和推理能力,并派新一和阿立混熟想借此侦察一些情报,于是新一在不知情的情况下被利用了,当阿立开始怀疑公滕父子的时候,想出一条毒计,他派琴久和沃克跟踪出去约会的小兰和新一,大家都看过第一集,其实交易是幌子,真正的目的是跟踪,要不然难道琴久他们是因为喜欢才去坐过山车的吗?在吸引新一注意以后,他们假装交易,阿立扮演的就是那个交易的商人,一切不露痕迹于是新一也就被他们变成了柯南.
于是阿立顺理成章的成为了新一的同伴与监护人.并且柯难实际上成为了阿立手中的人质,当时新一的父母第一次出现的那集,实际是和阿立谈判的,最终的结果是阿立用柯南要挟他们两个人流放到瑞士.
而优作因为不能和新一说明真相,从而让新一感觉受骗,受到伤害,只能同意阿立的要求,不再回到日本,所以你们看优作只有在103集的时候回过日本,还是变装的,就为了不能让阿立发现.
明白了吧，为什么阿立认识\\\'哀的父母?
其实APTX-4689就是阿立和哀的父母联合开发的,而成功以后哀的父母意外身亡.
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用.但是突然一天,优作和有席子（柯南的妈妈）突然潜回日本,和柯南(103```104集)秘密接触,让他感觉受到了威胁,于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边,那就是哀
哀其实是APTX4689的第一个实验品,本来药的目的是永保青春,没想到竟然适得其反产生副作用,造成了身体变小,而柯南事件发生以后,哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选,为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下.根本没必要监视
其实警界奇才特别行动人员.毛利小五郎也是因为追查阿立才从警界退出的,当时枪击非英里事件只是借口,所以后来目暮说毛利总把他们引向歧途,.其实毛利才掌握了案件的真相,只不过目暮不理解罢了!
毛利和优作两个年富力强的超人侦探一直和阿立和黑衣组织周旋,可怜新一和服部这几个小毛孩子什么都不知道,还以为自己是什么明星侦探,真的很可笑
青山 刚昌（柯南的作者）已经给大家提示了,不过因为太为晦涩所以没几个人看出来.其实阿笠这两个字,如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写是拉丁文里面的,莫里亚蒂（了解福尔摩斯一书的人都应该知道是谁）.所以阿立博士其实应该叫莫里亚蒂教授
结局的说法有很多种，我是比较倾向于阿立博士是黑衣组织的最大头目啦，而且小五郎才是最聪明的这种说法。。。
你看看吧，你相信哪种结局呢。。。
大结局还没出，但网上传了很多版本，其中一个很不错（这个版本中变回了），转给你欣赏一下：
5年之后……
封尘的记忆
“我回来了!”已是小学六年级的柯南推开了毛利侦探事物所的门。
没有人回答，他捡起地上的酒罐无奈的叹了一口气，躺在沙发上闭幕养神。
“对不起，我回来晚了”
柯南揉揉眼睛：“你又去和他约会了？”
22岁的毛利兰顿时红了脸。
四年前，组织完蛋了，aptx-4869的资料也跟着烟消云散了。为了把组织和一切有关人物的联系切断。他选择了逃避，当向世人公布名侦探工藤新一死亡时，柯南笑了，他的笑带着苍凉与自嘲，一向劝人不要逃避的他，却着样逃避了自己的命运。
灰原哀着个悲哀的女孩在和命运的抗战中，成为了死神最美丽祭品。工藤新一的葬礼上，所有的人都在为这为不幸的青年哀悼.
惟独毛利兰只是呆呆的看着棺木，眼里满是疑惑，仿佛再说：你骗了我，你骗了我……随后头也不回的离开了。过后的一年里，一个叫和田亚岩的人渐渐安抚了兰的伤口，成为了他的男友。
四年后，的柯南丢掉了沉重的眼镜，却丢不掉这副虚假的面孔。走在朝往帝丹小学的路上一个朝气蓬勃的女孩子远远的向他.
招手，后面还有一胖一瘦的男孩，当年的少年侦探队如今都已经是青少年了。
上课了
“（365-0）+54x16等与多少？江户川同学?”
爬在桌上养神的柯南，爬了起来。
“江户川同学，给你五分钟！！！！！！！！！”你这小子又睡觉！！！！！我让你出丑!
“1229”柯南抬头看了一下，有继续做梦了。
“那这道呢？”
“4342”
老师火大了。
“上来做这个，初中生奥林匹克，给你三节课时间”：我就不信你还会？
柯南稳稳的拿起粉笔“几种方法？”
“3种！！！！！！！！！！！！！”
柯南流利熟练的做完了，当然写了一黑板小学生看不懂的符号。
老师当场晕了过去>_<
灰原死了，组织灭了，小兰有男朋友了。他也不需要做什么掩饰了，名侦探工藤新一换成了江户川柯慧岩南，他累了。
关不住的往事
今天帝丹高中不放假，柯南和毛利的中饭没着落了，柯南一脸无奈的样子。斜眼一看兰的课本落下了（注：当年的帝丹在兰毕业后就变成大学了）没办法只有给她送去了。
踏入学校大门，原来的班级，原来的操场，原来的座位，他百感交及。教室里没有人，大
概都去学术厅了。他把书放到兰的位置上，看了看自己原来的座位，‘自己的’？
“当年就是在这里吧”他自言自语的说 。
”我原来那么高？”他不经的笑了
“和田？”
那个叫和田的原来也在这里上课，而且做在他的位置上。
他做了上去，有点熟悉，又有点陌生。
柯南正在回忆往事，就听到外面唧唧喳喳的。
“你看了昨天的球赛了没？”
“看了，好精彩”
“和田，你昨天跟毛利约会怎么样啊？”
“就是，有没有献上你的吻啊？”
“孝碧简别闹了”
“你们夫妻两个还真是甜蜜”
“你不许乱讲”
此时坐在亚岩位置上的柯南，把亚岩看成了自己，五年来的悲伤，无奈，谎言带来的伤害。
他拉了拉小兰的袖口，小兰这才注意到他。
他无力的说：“兰姐姐，我来给你送书”
“谢谢你柯南，小兰姐姐……”
“你真的不记得新一哥哥了吗？”
小兰呆了，那个沉睡着的名字有再度回到了她的脑海中，眼泪停止不住的流。
“为什么要提起他，他是个骗子，他骗了我一年，还不够吗？我讨厌他！！！！！！！！”
“你什么都不知道巧裤，你什么都不清楚。他没有死，既然兰姐姐这么讨厌他。那我，不在让他出现。”
长长的刘海遮住了柯南的眼睛，看不清他的神情。
来到和田面前说：
“你要好好照顾她，她小时侯最喜欢哭了，不要让她在哭了。”
转身离开了学校。
五年前他是因为不要伤害周围的人隐藏了秘密，五年后是为了更多的无辜人隐瞒，他可以说的，
他的逃避有一点让人难以接受。
是不是应该公开这个秘密呢？博士是最好的军师。
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博士家
“什么”博士大叫。“你今天去小兰的学校时差点说出身份”
“你不要那么惊讶，我也是有点冲动”
“你可要想清楚啊，新一”
“博士，我到底该怎么办呢？我……”
博士语重心长的看了看柯南“新一，不管你做什么样的决定。都要考虑清楚，要对自己负责，
要对小兰负责。总之我支持你。”
“博士，我知道了谢谢你。我一定要让小兰幸福，无论是做什么样的决定，为了她我宁愿永远
是江户川柯南。”
“新一，小哀没有得到幸福，我希望你和小兰起码能是快乐的。加油，新一”
“博士，我一定会让兰幸福”
“再见，博士。”
博士望着柯南远去的背影，不由的担心起来：那孩子没有问题吗？不，我相信新一。新一，你
有能力给她幸福的。我和小哀会一起为你祈祷，对不对，哀。
毛利侦探事物所
柯南在犹豫，犹豫是否该让真相大白了呢？正在思考，就听见
”我回来了”
柯南立即收起迷茫，露出一个甜甜的笑容
“你回来啦小兰姐姐”
“柯南，爸爸呢？”
”他去约邻居打麻将了”
“兰姐，今天真对不起，我说了很奇怪的话”
“没什么，对了，亚岩。快进来，柯南这是亚岩哥哥。这是我常常跟你提起的柯南。”
“你就是柯南吧，小兰常常提起你呢。请多指教”
“我也常常听小兰姐姐提起亚岩哥哥你呢”
“柯南，你肚子饿了吧，我马上做饭。”
“算了，小兰我请柯南去吃饭，这就当作是我未来小叔子的见面礼”
“你呀”
剩下的柯南什么都没听进去，他的心在滴血。一字一句都刺的他遍体鳞伤
“小兰姐姐，我看我还是不要去了吧。”
“不行，小叔子我可是特地请你的呀”
柯南思考了一阵，点了点头，一路上他们斗柯南开心，亚岩似乎特别想讨好柯南，因为他看出这个小弟弟在压抑着什么，一直一直在压抑这什么，他好像对自己很……
其实亚岩自己也说不出来那是什么，但脸上还再对自己笑，他笑的
很开心。但是又好像在内心深处
其实是悲伤的，一个六年级的小孩不可能有这么会隐藏的。
柯南他们走到了一家意大利餐厅，亚岩点了一份浓汤，一份特色
菜。兰跟亚岩一样。而柯南只点了一杯清水和一份面条。兰和亚岩吃的正高兴一群恶霸跑来闹事，兰他们正想要走，一个满脸横肉的家伙盯上了小兰。
“不许走！！！！！！本大爷叫你过来”
“兰，别理他”
恶霸上去抓小兰的手，结果被小兰一个旋踢，恶霸倒下了。恶霸似乎不死心叫他的同伴们一起上，小兰左右一个回旋踢，过肩摔。啪啪啪统统倒下了，恶霸们气的吹胡子瞪眼睛。小兰拉起
亚岩就走。他们刚一转身，一个恶霸抄起刀子网小兰那里飞去，小兰还没反应过来害怕的闭上了眼睛。嗒、嗒几滴鲜血落到了地上，当小兰睁开眼，柯南却躺在了地板上痛苦的捂着胸口。
“柯南！！！！！！！！！！！！”小兰叫出了声
变异的APTX-4869
医院里
手术灯还亮着，柯南还在继续抢救，坐在手术室门口的兰和亚岩焦急的等待，小兰双手紧握，
洁白的衬衫上沾满了鲜红的血，柯南在被送往这里时小兰报这柯南不放，是医生护士还有亚岩
想尽办法才拉开她的。小兰的心里难受的如刀割般。
兰：那孩子又为了我受伤了，我每一次都是柯南救我，每一次柯南都为了我。我……我如果没有柯南，我该怎么办呢？在不知不觉中我已经离不开他了，怎么办？
亚岩来到兰的身边，拍了拍她的肩
“不用担心，我相信那孩子会平安无事的。”
“可是，他又为了我。”
“我当时因该更早一点发现的”
“不是你的错，亚岩”
这时两个护士走出来，满身是鲜血，大汗淋利的。兰和亚岩立刻上去
“护士他怎么样？”
“你们谁是病人家属？”
“是我，我是他姐姐。”
“病人左心房挨刀，大量出血。我们快只不住了，正在危险期。你是病人家属，可以替他签字吗？手术很危险，你愿意让他试试吗？”
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小兰的头脑“嗡”的一下，无力的坐在沙发椅子上。
“你们要快点决定啊，多拖一分钟就多一分危险。”
亚岩摇了摇小兰
“快点啊，小家伙还没有放弃呢”
小兰无力的拿起笔，发抖的手在纸张上签下了“毛利兰”
“柯南，你千万不要有事啊。”晶莹的泪珠滑落了下来。
接到小兰电话的博士和少年侦探团也赶到了。
“真的吗？兰，柯南他……”
“柯南，呜，呜”步美早已泣不成声了。
“柯南，我们可是少年侦探团，没有你我们哪能行啊”光彦默默的念叨
“柯南，你可是我的得力助手，我命令你不准死”元太也伤心的低下了头。
“好了，你们别哭了。小兰姐姐和哥哥都很累你们就别吵了。”博士还是最冷静的一个。
四小时后
医生和护士推着他走出来了。一大群人为着医生问
“他渡过危险期了，不过他的神经，毛细血孔连带肾脏都埋藏着一种很奇怪的药物，他以前吃过很奇怪的药物吗？”
“我不知道，应该没有吧。”
任何人都不知道这是怎么一回是，只有博士知道APTX-4869那种可怕的药，使他和兰永隔天涯的药，夺走小哀生命的药，还有令柯南存在于这个世界的药。他立即认识到事情的严重性，如果APTX-4869被公众于世，那么多少人有要性命难保。他一定要受住这个秘密。
“就因为这次的大量出血才检查出来的”
博士立刻说
“不好意思，那是我以前做的实验，这孩子五年前当饮料给喝了”
”你，你应该知道让小孩子乱吃药是不好的行为，这次要好好照顾他。”
柯南靠着一个小小的氧气罩呼吸，小兰守在他身边一步也不离开。一天，两天，三天，在这三天里兰看着柯南熟睡的脸又想到了他那一天说的话
“他还没有死，你真的不记得新一哥哥了吗。”
“他还没有死”
“他还没有死”
“他还没有死”
“他还没有死”
这句话一直回荡在他的耳边。：能信吗？是真的吗？开始我只是认为他在开玩笑。怎么办？醒来时问问他吧。
第三天的凌晨，柯南睁开了眼睛。一阵疼痛袭来,想了起来前几天自己替兰挡了一刀。然后就什么也不知道了。他看到小兰趴在自己的床前，心痛的把单子盖到她身上。拖着病歪歪的身子，一步一步的走到了门外的博士身边，轻轻的摇了摇他。博士醒了，柯南立刻捂住他的嘴。拉着他又一步一步的来到了楼梯间。
“新一，你？”
“哈，哈我这条命还真是贱，这样都死不了。”
“新一，你因该回去躺着。”
“不了，博士有人发现我体内有APTX-44869吗？”
“你怎么知道的”
“灰原告诉我的，她说我只要大量出血就会被发现有药物存在于体内”
“没事，我暂时瞒过去了”
“博士，让我出去走走。”
“新一，可是……”
博士的话才说到一半，就晕了过去，麻醉针射到了他的眉心。
小兰过了一阵醒了，发现床空了。他跑到楼剃间，看见博士躺在那里。拼命把他叫醒
“博士，柯南呢？”
“我，我不知道。”
柯南此时的心脏已是难受到了极点，他从医院小路，踉踉跄跄的走啊，走啊。不知道自己走了多远，不知道自己的感觉，更不知道自己因该去哪里。在不知不觉中走到了，属于他和兰的海边，曾经约定要一辈子的海边。沙滩上留下了他的脚印，那脚印好孤独。十五年前，他和兰一起，在沙滩上嬉戏玩耍。
他向前走，海水漫过了他的膝盖。停了下来，任凭海水敲打着他病歪歪的身子。心里想：
我是应该完全消失的时候了，现在的平静对她来说是最好的。等我的身体好起来，我就告诉她工藤新一，的确死了。
他闭上眼睛倾听海浪的声音，“兰……”倒在了冰冷的海水里。
等他醒过来的时候，已经在医院里了。
“我怎么会在这里？”
博士又气又心疼的说
“你还敢说，一个人明明知道自己有病还逞强，去泡什么海水。是小兰把你背回来的。”
“我的衣服怎么回事呀，这么大号？”
“是我帮你换的衣服，你的衣服全湿透，医院里暂时没小号的就将就一下吧。”
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“小兰呢？”
“给你拿衣服去了”
“对不……啊”他的心脏猛烈的跳动。
“新一，怎么了心脏不舒服？”
“博士……，把……门锁……上”
博士听到后立刻去锁门，担心的看着柯南。
“啊，啊…………”他发出了痛苦的叫声。
博士看着一点一点长大的柯南，不，因该是新一，惊恐万状。过了一会儿，身上原本看起来很大的病号服变的刚好。
以下柯南为新一
新一坐在地上喘着大气，满头大汗。
“博士，我想要去你家避一避。我们快走。”
“可是你的身体怎么办？我可不同意你乱来。”
“没事的”刚想要走，就昏倒了。
博士把他扶到床上，心想：不可以让新一这样下去，很危险。找目暮警官吧，只有他才能救新一，这个秘密不久就要公布于世了，我有这样的预感。
半个小时后，目暮警官到了，冲进门就喊
“这里有杀人案吗？在哪，尸体在哪？”
目暮警官抬头一看这不是什么尸体，他是……他是躺在病床上的是工藤，五年前帮他办案的工藤，四年前死了的工藤。
“阿，阿笠博士。你能帮我解释一下这是怎么回事吗？他是谁。”
“就跟你所见到的一样，工藤新一。”
“我是说他不是已经死了吗？为什么会出现在这里？”
博士只好把一切的一切讲给了目暮警关。听了这一切的目暮已经傻了眼，嘴巴张了好大。好不容易才反映过来，恢复了原来的沉稳。
“这么说，工藤是被某组织的毒药缩小，为了演示身份才化为江户川柯南，这也是保护他身边人的一种方法。”
目暮和阿笠博士说话时，躺在床上的新一醒了过来，博士扶他靠在床上。看到目暮警关的他，似乎想要辩解，又说不出什么的样子。
“目暮警关，我……”
“工藤老弟你什么都不要说，我都知道了。我刚才都听阿笠说了，你现在先住阿笠博士家。我初步想了想，你应该回原来的地方。只有他们知道你还活着就一定会采取行动，等到那时就可以知道那个组织是不是还有漏网之鱼”
新一低头想了好一阵，：
我如果这次成功了就可以摆脱这副假面孔了，失败了，起码我式过。按现在的生活，我死了有什么区别？
“警关我愿意试一试。”
“好，我会随时派人保护你。你不用担心。”
“不，我不需要。我只要通知你就好了。”
“可是……”
“好了目暮，就按新一说的办吧，现在我想办法把他弄出去，小兰就要回来了”
目暮把新一千方百计的调出医院，住在阿笠家。博士则在空着的病床边，等着小兰。
“博士，柯南的衣服我拿来了”
小兰把门推开，看见病床上只有博士。
“博士柯南呢？”
“小兰，刚才他妈妈把他接走了，认为他在国外治疗会比较好。他让我跟你说再见。”
“是 吗？好可惜我没有见柯南呢。”小兰的眼泪似乎要夺框而出，又勉强露出一个笑容，：也许他在国外会比较好。晚上，小兰正在整理柯南的衣物。
“我还没发现家里原来这么大。”整夜小兰都在看着柯南的照片，想着这个小弟弟在这里的一点一滴。
第二天
小兰约了亚岩一同上学。
“听说，那个小弟弟走了？”
“恩，他妈妈把他带走了”
“我还想跟他玩呢。他很可爱。对了你听说了没有，今天我们班有一个转学生。”
“是吗，等会不就知道了。”
上课了
老师，先走进教室。
“各位同学大家好，今天班里要有一位新同学，大家要好好相处。进来吧。”
一个帅气的男生走了进来，长长的刘海，冰蓝色的眼睛，天使般的面庞，挂着自信的笑容
“我叫工藤新一，请多指教。大家可能见过我，希望在以后的日子里大家还是GOODFRIEND。”
这时的同学全班都被吓傻了，一个长头发的男生大叫一声
“死人活啦。”
台下一片乱，老师不得不出来压局
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“请安静，工藤同学是四年前。出了一点状况所以被误判成死亡，请大家安静。”
“我，就算死了也不用这么害怕吧。早知道就在装恐怖一点。”
新一的笑话令气氛好了些，
“老师我可以坐和田同学旁边吗？”
“当然可以。现在上课。”
兰的脸色是全班中最苍白，最难以接受的，她的眼泪顺着脸庞划落下来，带着埋怨看着新一。他们终于挨到了下课，一下课一大帮人就围着新一转。
“工藤，你小子真命大。”
“工藤，你怎么回事啊？”
“工藤，你连老婆都不要了。”
“就是，你老婆找了男朋友。”
“你看，就是他。”众人把和田一齐压到新一面前。
“和田，工藤回来了你没戏唱了。”
“你们给我打住！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！”新一大喊一声。
走到和田亚岩面前，有礼貌的说
“我叫工藤新一，请多指教。”
亚岩，呆了。这就是工藤新一，世界上也有这么完美的人。他的光芒无法遮盖，匆匆茫茫的说了一句
“多指教”
新一走到了兰的面前，悠悠的说
“我回来了，兰”
“……你为什么这么不负责任，五年了，你知道五年对我来说有多么的遥远？”兰带着泪花
“我知道，明白。这么做是有原因的，听说和田是你的男朋友吧，准备上完大学就结婚吗？不要忘了拿喜帖给我。”
“工藤新一我恨你！！！我等了你那么久换来的却是一句，‘这是有原因的’我才不管你有什么原因呢。”
“工藤你太过分了。”
众人上去摇新一，大声质问他。有的还一拳打了上去。新一，先是大声喘气，那个打他的同学，觉的手上湿湿的，拿起拳头一看，血。新一的白衬衫上都是血，随之新一在次晕掉。同学都慌了，小兰看到这副景象，拉起新一就去保健室。
保健室的老师，看了急忙脱下他的外套，止血，缝针。小兰一直守在一边，担心和焦急使她、忘记了新一的不是。
好不容易，血止住了，躺在床上休息，嘴里还不停的喊
“小兰，别走……”
保健室的老师，告诉小兰他原来受过伤。要有充分的休息，随后就走了。
小兰听到了新一的喊声，流下了眼泪。
新一醒了，看到了小兰。无情的说
“我不需要你操心，毛利同学。”然后就转身躺着了。
小兰在也忍受不了
“你明明很在乎我，你明明很关心我，为什么要装，因为亚岩吗？是，我是和他交往都是因为你。我喜欢你，小的时候就喜欢你。亚岩很像你，所以我，所以我……不管怎么样你不要丢下我，你不要不理我。你为什么突然不见又突然出现？欺负我？”小兰泪流满面。
“江户川柯南”新一低着头冒出来一句，“因为我就是江户川柯南，我随时可能变回去你能接受一个小孩子吗？我爱你胜过地球上的任何一个人。那又能怎么样呢？你和一个十二岁的小孩子在一起么？”
兰呆了，但是表情又恢复了温柔。坐到了新一的床边，吻住了新一的唇。新一回应了她的吻，就着样直到两人都无法呼吸为止。
新一温柔的看着兰，“傻瓜，你知道你到底在做什么吗？”
“你才傻呢，你为了我挨了多少刀，你为了我才瞒着我，我一直这么相信着。因为爱是不需要理由的，爱没有年龄的界限。我只知道我爱你。”
两人拥抱在一起，好久好久。
流传的《名侦探柯南》大结局十五种
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶（一个男孩），取名为工藤柯南……
（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶（一个女孩），取名为工藤志保……
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶（一个女孩），取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……
（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她消带是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士宽敏正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访拿巧芦客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客――目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家――黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是――“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀――”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
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黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@ <xy
藤新一独自前往营救的暗示。 5}x-i0^z>
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 ,\ &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
另一种：（一）
柯南和灰原哀再次躲过了黑衣组织的追杀，两人在阿笠博士家回想着这些天以来的事情。灰原提出，每次黑衣组织都有机会将他们两个人灭口，可是为什么一次次地让他们想尽种种办法逃掉？柯南已经隐隐的感觉到，整个黑衣组织的幕后黑手已经现身，也许就藏在他们的周围。而就在这时，一起持枪抢劫的案件发生在了米花街，而被劫持的正是毛利兰和他的父亲――昏迷不醒的小五郎。
柯南大惊失色，而目暮警官的手下佐藤和高木也来到了阿笠博士的家中。通过现场传达的消息，绑匪的目的不是钱，更不是什么珠宝，而是让柯南和灰原哀前去交换人质，否则毛利父女的性命不保。
人命关天，柯南和灰原带上了博士新发明的道具，前去交换人质。毛利父女安然无恙，小五郎只是被乙醚弄晕了而已。只是柯南和灰原却与绑匪们不知了去向。
一条秘密的通道里，四个人――两个绑匪和柯南、灰原哀穿梭在其中。一道大门打开，光线照射进了柯南的眼中，他惊奇的发现，此处不是别的什么地方，而正是柯南――工藤新一的家。
第一个绑匪解下了面具，是波本――茱蒂老师一再警告柯南的又一个黑衣组织的成员，而另外一个绑匪也解开了面具，居然是工藤新一的母亲――有希子！
（二）
有希子从柯南和灰原的身上拿掉了博士给予他们的道具，阿笠博士和佐藤、高木、目暮警官等人顿时没有了信号而倍感焦急。波本掏出了毛巾，擦掉了脸上的一层皮。工藤新一的父亲――工藤优作帅气的面容展现在了柯南的眼前。
柯南不敢相信眼前的一切，灰原哀更是目瞪口呆。柯南问他的父亲是不是黑衣组织真正的首领，优作默认，而且说明自己化名为“波本”来到了这里，目的就是为了制定这一次的抢劫事件。柯南并不理解这一切到底是怎么回事。有希子拿出了APTX4869的解药，柯南和灰原哀服下后，重新恢复成为了宫野志保和工藤新一的身材和面容。
优作承认自己的所作所为吓到了柯南，但同时他也向柯南说明了自己这样做的目的：其实在17年前，工藤新一还未出生时，有希子的隐退一直是困扰着他的一个谜团，后来根据有希子的情报，她在一次宴会上偷听到说，美国企图运用一切能够达到的方式来控制整个世界，在亚洲首先就是要征服日本，但是这个目标非常的漫长，又非常的棘手。心直口快的有希子在没有惊动别人的情况下告知了优作，优作凭借着种种便利向日本天皇和首相报告了这一信息。首相据此秘密地下了一道命令，为了抵御美国的侵略，要优作和另外几个人一起帮助首相实行一项计划，这个秘密仅仅只有几个人知道：首相本人、工藤优作，另外的两个人是黑羽盗一和目暮十三。
问题补充：（三）
根据协定，首相负责最隐秘的部分，盗一通过自己的神通广大来窃取一切可以的情报，目暮十三进入警局（他已经是警察，所以很方便），工藤优作则通过自己小说家的身份来行动。四方商定，如果有一方事情败露，则必须消失。而黑羽盗一在一次行动中不慎暴露了身份，被迫自杀，而留下了年幼的儿子黑羽快斗。但快斗一直不知道父亲真实的身份，所以并不知情。
这样，经过十多年的时间，美国方面迟迟没有动静，日本本土看似平静，实则隐藏着危机。工藤优作所发展的黑衣组织也已经基本成形。在他的努力下，有几个人决定终身跟随优作，他们就是琴酒、伏特加、贝尔莫特、宫野明美等人。可是在一个晚上，当优作的黑衣组织在进行定时定点联络交易的时候，却被工藤新一逮了个正着。万般无奈之下，琴酒遵循优作的命令，将组织开发出来的毒药APTX4869给新一服下。优作痛心疾首却也无可奈何，所以为了避免组织出大乱子，便派出智商最高的琴酒和力量最大的伏特加予以跟踪新一。
比较官方的好像一共有三种说法哦
第一：
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目：黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡配型橡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大培旁的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授――福尔摩斯里的罪恶的教授。
第二：
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特租氏工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客――目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家――黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是――“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀――”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
第三：
柯南大结局 第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
不过还是得等待啊
柯南的结局!(超感人的说) [顶楼]
随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及柯南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑颤纤衡暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变茄做
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美竖慎国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪。。。。。。结局