1）在称呼上：
目前，我国的自然保护区分为三个级别。即：国家级、省级、县级。在名称上格式分别为：省名+山名+国家级自然保护区（如，湖南壶瓶山国家级自然保护区）、湖南名+县名+山名+自然保护区（如湖南临湘黄盖湖自然保护区）。县级命名格式同省级。
2）一是设立程序不同。国家级自然保护区系自上而下，由国家批准设立并主导管理；自然保护区则自下而上申报，根据级别分别由县、市、省、国家批准设立并分级管理。
3）是层级不同。国家级自然保护区管理层级最高，不分级别，由中央直接行使自然资源资产所有权；自然保护区分为国家级、省级、县级，以地方管理为主。
4）是类型不同。国家级自然保护区是一个或多个生态系统的综合，突破行政区划界线，强调完整性和原真性，力图形成山水林田湖草生命共同体后进行整体保护、系统修复；自然保护区根据保护对象分为自然生态系统、野生生物、自然遗迹三大类，以及森林、草原、荒漠、海洋等九个类别。
5）是国家代表性程度不同。国家级自然保护区是国家名片，具有全球和国家意义，如大熊猫、三江源、武夷山等国家公园试点区，以及珠峰、秦岭、张家界等国家公园候选区，有的是世界自然文化遗产地，有的是名山大川和典型地理单元代表；自然保护区不强求具有国家代表性，只要是重要的生物多样性富集区域、物种重要栖息地，或其他分布有保护对象并具有保护价值的区域，均可成为自然保护区。
6）是面积规模不同。国家级自然保护区数量少但范围大，一般不少于100平方公里，大的超过10万平方公里；自然保护区数量多，面积大小不一，有的很大，有的甚至就是一颗古树、一片树林或者一个物种的栖息范围。
7）是完整性不同。国家级自然保护区强调生态系统的完整性，景观尺度大、价值高；自然保护区不强求完整性，景观价值也不一定高，主要保护具有代表性的自然生态系统和具有特殊意义的自然遗迹。
8）是功能分区不同。国家级自然保护区分为禁止人为活动的“核心区”和限制人为活动的“控制区”；自然保护区分为“核心区、缓冲区、实验区”。为了实现精细化、差别化的专业管理，国家级自然保护区管理者会进一步将其功能区细分为“严格保护区”“生态保育区”“传统利用区”“科教游憩区”。
9）是事权不同。国家级自然保护区是中央事权，主要由中央出资保障；自然保护区是地方事权，主要由地方出资保障。
10）是土地属性不同。国家级自然保护区国有土地比例高，便于过渡到全民所有自然资源产权由中央统一行使；自然保护区集体土地比例相对较高，一般通过协议等形式纳入保护管理，分级行使所有权。
11）是优先性不同。国家公园是最重要的自然保护地类型，处于首要和主体地位，是构成自然保护地体系的骨架和主体，是自然保护地的典型代表。具备条件的自然保护区可能会被整合转型为国家级自然保护区，而国家级自然保护区则不会转型为自然保护区。