自然保护区是指对有代表性的自然生态系统、珍稀濒危野生动植物物种的天然集中分布、有特殊意义的自然遗迹等保护对象所在的陆地、陆地水域或海域，依法划出一定面积予以特殊保护和管理的区域。
自然保护区是一个泛称，实际上，由于建立的目的、要求和本身所具备的条件不同，而有多种类型。按照保护的主要对象来划分，自然保护区可以分为生态系统类型保护区、生物物种保护区和自然遗迹保护区3类；按照保护区的性质来划分，自然保护区可以分为科研保护区、国家公园（即风景名胜区）、管理区和资源管理保护区4类。
华北地区
北京
松山国家级自然保护区
百花山国家级自然保护区
天津
古海岸与湿地国家级自然保护区
蓟县中、上元古界地层剖面国家级自然保护区
八仙山国家级自然保护区
山东
马山国家级自然保护区
黄河三角洲国家级自然保护区
长岛国家级自然保护区
山旺古生物化石国家级自然保护区
滨州贝壳堤岛与湿地国家级自然保护区
荣成大天鹅国家级自然保护区
昆嵛山国家级自然保护区
河北
昌黎黄金海岸国家级自然保护区
小五台山国家级自然保护区
泥河湾国家级自然保护区
大海坨国家级自然保护区
雾灵山国家级自然保护区
围场红松洼国家级自然保护区
衡水湖国家级自然保护区
柳江盆地地质遗迹国家级自然保护区
塞罕坝国家级自然保护区
茅荆坝国家级自然保护区
滦河上游国家级自然保护区
驼梁国家级自然保护区
青崖寨国家级自然保护区
河南
黄河湿地国家级自然保护区
豫北黄河故道湿地鸟类国家级自然保护区
焦作太行山猕猴国家级自然保护区
南阳恐龙蛋化石群国家级自然保护区
伏牛山国家级自然保护区
宝天曼国家级自然保护区
鸡公山国家级自然保护区
董寨国家级自然保护区
连康山国家级自然保护区
小秦岭国家级自然保护区
丹江湿地国家级自然保护区
山西
阳城莽河猕猴国家级自然保护区
芦芽山国家级自然保护区
庞泉沟国家级自然保护区
历山国家级自然保护区
五鹿山国家级自然保护区
东北地区
辽宁
大连斑海豹国家级自然保护区
成山头海滨地貌国家级自然保护区
辽宁蛇岛老铁山国家级自然保护区
辽宁仙人洞国家级自然保护区
桓仁老秃顶子国家级自然保护区
辽宁白石砬子国家级自然保护区
辽宁鸭绿江口滨海湿地国家级自然保护区
辽宁医巫闾山国家级自然保护区
双台河口国家级自然保护区
北票鸟化石国家级自然保护区
辽宁努鲁儿虎山国家级自然保护区
海棠山国家级自然保护区
吉林
伊通火山群国家级自然保护区
龙湾国家级自然保护区
鸭绿江上游国家级自然保护区
莫莫格国家级自然保护区
向海国家级自然保护区
天佛指山国家级自然保护区
长白山国家级自然保护区
大布苏国家级自然保护区
珲春东北虎国家级自然保护
查干湖国家级自然保护区
雁鸣湖国家级自然保护区
哈泥国家级自然保护区
松花江三湖国家级自然保护区
吉林甑峰岭国家级自然保护区
吉林头道松花江上游国家级自然保护区
通化石湖国家级自然保护区
黑龙江
扎龙国家级自然保护区
兴凯湖国家级自然保护区
宝清七星河国家级自然保护区
饶河东北黑蜂国家级自然保护区
丰林国家级自然保护区
凉水国家级自然保护区
三江国家级自然保护区
洪河国家级自然保护区
八岔岛国家级自然保护区
挠力河国家级自然保护区
牡丹峰国家级自然保护区
黑龙江五大连池国家级自然保护区
呼中国家级自然保护区
南瓮河国家级自然保护区
凤凰山国家级自然保护区
黑龙江乌伊岭国家级自然保护区
黑龙江胜山国家级自然保护区
黑龙江双河国家级自然保护区
红星湿地国家级自然保护区
珍宝岛湿地国家级自然保护区
穆棱东北红豆杉国家级自然保护区
东方红湿地国家级自然保护区
大沾河湿地国家级自然保护区
虎口湿地自然保护区
华东地区
上海
九段沙湿地国家级自然保护区
崇明东滩鸟类国家级自然保护区
江苏
盐城沿海滩涂珍禽国家级自然保护区
大丰麋鹿国家级自然保护区
泗洪洪泽湖湿地国家级自然保护区
浙江
清凉峰国家级自然保护区
天目山国家级自然保护区
南麂列岛海洋国家级自然保护区
乌岩岭国家级自然保护区
大盘山国家级自然保护区
古田山国家级自然保护区
凤阳山――百山祖国家级自然保护区
九龙山国家级自然保护区
长兴地质遗迹国家级自然保护区
浙江象山韭山列岛海洋生态国家级自然保护区
安徽
鹞落坪国家级自然保护区
牯牛降国家级自然保护区
扬子鳄国家级自然保护区
金寨天马国家级自然保护区
升金湖国家级自然保护区
铜陵淡水豚国家级自然保护区
江西
鄱阳湖候鸟国家级自然保护区
桃红岭梅花鹿国家级自然保护区
九连山国家级自然保护区
江西武夷山国家级自然保护区
井冈山国家级自然保护区
官山国家级自然保护区
马头山国家级自然保护区
九岭山国家级自然保护区
华中地区
湖北
青龙山恐龙蛋化石群国家级自然保护区
神农架国家级自然保护区
五峰后河国家级自然保护区
石首麋鹿国家级自然保护区
长江天鹅洲白D豚国家级自然保护区
长江新螺段白D豚国家级自然保护区
星斗山国家级自然保护区
九宫山国家级自然保护区
七姊妹山国家级自然保护区
洪湖湿地国家级自然保护区
龙感湖国家级自然保护区
湖南
炎陵桃源洞国家级自然保护区
东洞庭湖国家级自然保护区
壶瓶山国家级自然保护区
张家界大鲵国家级自然保护区
八大公山国家级自然保护区
莽山国家级自然保护区
永州都庞岭国家级自然保护区
小溪国家级自然保护区
黄桑国家级自然保护区
乌云界国家级自然保护区
鹰嘴界国家级自然保护区
南岳衡山国家级自然保护区
借母溪国家级自然保护区
阳明山国家级自然保护区
八面山国家级自然保护区
重庆
缙云山国家级自然保护区
大巴山国家级自然保护区
长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
金佛山国家级自然保护区
四川
龙溪――虹口国家级自然保护区
白水河国家级自然保护区
攀枝花苏铁国家级自然保护区
画稿溪国家级自然保护区
王朗国家级自然保护区
唐家河国家级自然保护区
马边大风顶国家级自然保护区
长宁竹海国家级自然保护区
蜂桶寨国家级自然保护区
卧龙国家级自然保护区
九寨沟国家级自然保护区
小金四姑娘山国家级自然保护区
若尔盖湿地国家级自然保护区
贡嘎山国家级自然保护区
察青松多白唇鹿国家级自然保护区
亚丁国家级自然保护区
美姑大风顶国家级自然保护区
长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
米仓山国家级自然保护区
雪宝顶国家级自然保护区
花萼山国家级自然保护区
海子山国家级自然保护区
华南地区
福建
厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区
将乐龙栖山国家级自然保护区
天宝岩国家级自然保护区
深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区
漳江口红树林国家级自然保护区
虎伯寮国家级自然保护区
武夷山国家级自然保护区
梁野山国家级自然保护区
福建梅花山国家级自然保护区
戴云山国家级自然保护区
闽江源国家级自然保护区
君子峰国家级自然保护区
兔耳岭国家级自然保护区
广东
南岭国家级自然保护区
车八岭国家级自然保护区
丹霞山国家级自然保护区
内伶仃岛――福田国家级自然保护区
珠江口中华白海豚国家级自然保护区
湛江红树林国家级自然保护区
鼎湖山国家级自然保护区
像头山国家级自然保护区
惠东港口海龟国家级自然保护区
徐闻珊瑚礁国家级自然保护区
雷州珍稀水生动物国家级自然保护区
广西
大明山国家级自然保护区
花坪国家级自然保护区
猫儿山国家级自然保护区
山口红树林生态国家级自然保护区
合浦营盘港―英罗港儒艮自然保护区
北仑河口国家级自然保护区
防城金花茶国家级自然保护区
十万大山国家级自然保护区
弄岗国家级自然保护区
大瑶山国家级自然保护区
木论国家级自然保护区
千家洞国家级自然保护区
岑王老山国家级自然保护区
九万山国家级自然保护区
金钟山黑颈长尾雉国家级自然保护区
元宝山国家级自然保护区
邦亮长臂猿国家级自然保护区
雅长兰科植物国家级自然保护区
七冲国家级自然保护区
大桂山鳄蜥国家级自然保护区
崇左白头叶猴国家级自然保护区
恩城国家级自然保护区
银竹老山资源冷杉国家区级自然保护区
[5] [6]
海南
三亚珊瑚礁国家级自然保护区
东寨港国家级自然保护区
铜鼓岭国家级自然保护区
大洲岛海洋生态国家级自然保护区
大田国家级自然保护区
尖峰岭国家级自然保护区
五指山国家级自然保护区
坝王岭国家级自然保护区
吊罗山国家级自然保护区
西南地区
贵州
习水中亚热带常绿阔叶林国家级自然保护区
赤水桫椤国家级自然保护区
梵净山国家级自然保护区
麻阳河国家级自然保护区
长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
草海国家级自然保护区
雷公山国家级自然保护区
茂兰国家级自然保护区
宽阔水国家级自然保护区
云南
哀牢山国家级自然保护区
高黎贡山国家级自然保护区
大山包黑颈鹤国家级自然保护区
大围山国家级自然保护区
金平分水岭国家级自然保护区
黄连山国家级自然保护区
文山国家级自然保护区
无量山国家级自然保护区
西双版纳国家级自然保护区
西双版纳纳版河流域国家级自然保护区
苍山洱海国家级自然保护区
白马雪山国家级自然保护区
南滚河国家级自然保护区
长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
药山国家级自然保护区
会泽黑颈鹤国家级自然保护区
永德大雪山国家级自然保护区
青海
循化孟达国家级自然保护区
青海湖国家级自然保护区
可可西里国家级自然保护区
隆宝国家级自然保护区
三江源国家级自然保护区
西藏
雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区
芒康滇金丝猴国家级自然保护区
珠穆朗玛峰国家级自然保护区
色林错国家级自然保护区
羌塘国家级自然保护区
雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区
察隅慈巴沟国家级自然保护区
拉鲁湿地国家级自然保护区
类乌齐马鹿国家级自然保护区
西北地区
陕西
周至国家级自然保护区
太白山国家级自然保护区
长青国家级自然保护区
佛坪国家级自然保护区
牛背梁国家级自然保护区
汉中朱q国家级自然保护区
子午岭国家级自然保护区
化龙山国家级自然保护区
天华山国家级自然保护区
青木川国家级自然保护区
桑园国家级自然保护区
米仓山国家级自然保护区
陇县秦岭细鳞鲑国家级自然保护区
韩城褐马鸡国家级自然保护区
平河梁国家级自然保护区[3]
黄柏塬国家级自然保护区[3]
略阳珍稀水生动物国家级自然保护区[3]
甘肃
兴隆山国家级自然保护区
祁连山国家级自然保护区
敦煌西湖国家级自然保护区
安西极旱荒漠国家级自然保护区
民勤连古城国家级自然保护区
白水江国家级自然保护区
莲花山国家级自然保护区
尕海－则岔国家级自然保护区
太统-崆峒山国家级自然保护区
连城国家级自然保护区
小陇山国家级自然保护区
盐池湾国家级自然保护区
安南坝野骆驼国家级自然保护区
漳县珍稀水生动物国家级自然保护区（2013年6月4日）
黄河首曲国家级自然保护区
秦州珍稀水生野生动物国家级自然保护区（2014年12月23日）
多儿国家级自然保护区（2017年7月4日）
太子山国家级自然保护区
宁夏
贺兰山国家级自然保护区
沙坡头国家级自然保护区
罗山国家级自然保护区
灵武白芨滩国家级自然保护区
六盘山国家级自然保护区
哈巴湖国家级自然保护区
内蒙古
赛罕乌拉国家级自然保护区
达里诺尔国家级自然保护区
白音熬包国家级自然保护区
黑里河国家级自然保护区
大黑山国家级自然保护区
大兴安岭汗马国家级自然保护区
红花尔基樟子松林国家级自然保护区
辉河国家级自然保护区
达赉湖国家级自然保护区
科尔沁国家级自然保护区
图牧吉国家级自然保护区
大青沟国家级自然保护区
锡林郭勒草原国家级自然保护区
鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区
西鄂尔多斯国家级自然保护区
乌拉特梭梭林――蒙古野驴国家级自然保护区
贺兰山国家级自然保护区
额济纳胡杨林国家级自然保护区
阿鲁科尔沁草原国家级自然保护区
哈腾套海国家级自然保护区
额尔古纳国家级自然保护区
鄂托克恐龙遗迹化石国家级自然保护区
大青山国家级自然保护区
新疆
阿尔金山国家级自然保护区
罗布泊野骆驼国家级自然保护区
巴音布鲁克国家级自然保护区
托木尔峰国家级自然保护区
西天山国家级自然保护区
甘家湖梭梭林国家级自然保护区
哈纳斯国家级自然保护区
塔里木胡杨国家级自然保护区
艾比湖湿地国家级自然保护区
注：标“*”者，为跨省(区、市)国家级自然保护区。